TRANSCRIPTOMA DE NEUTRÓFILOS HUMANOS INFECTADOS IN VITRO POR LEISHMANIA INFANTUM SUGERE A EXPRESSÃO DE LNCRNAS PELO PARASITO

Mariana Cordeiro Almeida; Juliana de Souza Felix; Marcela Pontes Pavan; Beatriz Batista Trigo; Valéria Marçal Félix de Lima; Flávia Lombardi Lopes

Título do Trabalho

Autores

Mariana Cordeiro Almeida
Juliana de Souza Felix
Marcela Pontes Pavan
Beatriz Batista Trigo
Valéria Marçal Félix de Lima
Flávia Lombardi Lopes

Modalidade

Resumo (poster)

Área temática

RNA e transcriptômica

Data de Publicação

11/12/2024

País da Publicação

Brasil

Idioma da Publicação

Português

Página do Trabalho

https://www.even3.com.br/anais/epbioinfo2024/997238-transcriptoma-de-neutrofilos-humanos-infectados-in-vitro-por-leishmania-infantum-sugere-a-expressao-de-lncrnas-pe

ISBN

978-65-272-1024-5

Palavras-Chave

Epigenômica, Leishmaniose Visceral, Neutrófilos, RNAs não-codificadores

Resumo

Introdução: A leishmaniose é uma zoonose endêmica em mais de 99 países que afeta diversas espécies de mamíferos, incluindo o homem. A manifestação visceral é a forma mais grave da doença e é principalmente causada pela Leishmania infantum no Brasil, com uma letalidade em humanos que aumentou de 3,1% em 2000 para 11% em 2022. Na infecção por Leishmania spp., é bem estabelecido que o neutrófilo é a primeira célula de defesa recrutada e pode servir como abrigo transitório para o parasito, favorecendo sua sobrevivência no hospedeiro. Durante essa infecção, os padrões de expressão gênica são alterados tanto no hospedeiro quanto no patógeno, influenciando a maneira como a resposta celular à infecção ocorrerá. Os RNAs longos não-codificadores (lncRNAs) de patógenos podem regular a expressão de genes do hospedeiro, porém poucos estudos identificaram a expressão de lncRNAs em Leishmania e suas interações com o hospedeiro permanecem inexploradas. Objetivo: Identificar lncRNAs expressos pela Leishmania infantum durante a infecção in vitro de neutrófilos humanos. Métodos: Neutrófilos foram isolados do sangue total de doadores saudáveis (n=5) e infectados in vitro com promastigotas de L. infantum (MOI 5:1). A partir da extração de RNA, utilizamos RNA-Seq para análise do transcriptoma. As reads de baixa qualidade foram trimadas com a ferramenta TrimGalore! e alinhadas ao genoma da L. infantum (JPCM5 - TriTrypDB 68) com a ferramenta HISAT2. Os transcritos foram montados com o StringTie e, em seguida, a ferramenta Blast (NCBI) foi utilizada em linha de comando com a anotação de referência das 28 espécies de Leishmania disponíveis no banco de dados TriTrypDB. Selecionamos os transcritos montados que alinharam com: pseudogenes, ncRNAs, genes codificadores na fita oposta e aqueles que não alinharam com nenhuma sequência. Além disso, os transcritos montados também foram comparados com lncRNAs já conhecidos de L. braziliensis. Os transcritos selecionados foram analisados com duas ferramentas de potencial de codificação, FEELnc e CPC2, a fim de identificar transcritos que não possuem potencial de codificação e que podem ser classificados como lncRNAs putativos. Resultados e discussão: Foram selecionados para a análise de predição de codificação: 31 transcritos que alinharam com pseudogenes, 82 com ncRNAs, 246 com genes codificadores na fita oposta e 23 transcritos que não tiveram similaridade de sequência. A ferramenta FEELnc identificou 241 lncRNAs, enquanto o CPC2 identificou 180 transcritos não-codificadores. A sobreposição dos resultados das duas ferramentas resultou em 180 lncRNAs putativos de L. infantum. Dentre estes, 57 lncRNAs mostraram similaridade com os lncRNAs conhecidos de L. braziliensis. A sobreposição dos dados entre as ferramentas aumenta a confiabilidade dos lncRNAs putativos identificados, sugerindo que estes estão sendo expressos durante a infecção e podem desempenhar funções regulatórias importantes na expressão gênica do hospedeiro. A similaridade com os lncRNAs de L. braziliensis sugere que diferentes espécies de Leishmania podem compartilhar lncRNAs. Conclusão: A infecção in vitro de neutrófilos humanos por L. infantum sugere a expressão de lncRNAs putativos pelo parasito, que podem participar da modulação da expressão gênica da célula e consequentemente da resposta imunológica do hospedeiro.

Título do Evento: Escola Paranaense de Bioinformática
Cidade do Evento: Londrina
Título dos Anais do Evento: Anais da Escola Paranaense de Bioinformática
Nome da Editora: Even3
Meio de Divulgação: Meio Digital

Como citar

ALMEIDA, Mariana Cordeiro et al.. TRANSCRIPTOMA DE NEUTRÓFILOS HUMANOS INFECTADOS IN VITRO POR LEISHMANIA INFANTUM SUGERE A EXPRESSÃO DE LNCRNAS PELO PARASITO.. In: Anais da Escola Paranaense de Bioinformática. Anais...Londrina(PR) UEL, 2024. Disponível em: https//www.even3.com.br/anais/epbioinfo2024/997238-TRANSCRIPTOMA-DE-NEUTROFILOS-HUMANOS-INFECTADOS-IN-VITRO-POR-LEISHMANIA-INFANTUM-SUGERE-A-EXPRESSAO-DE-LNCRNAS-PE. Acesso em: 02/08/2025