ANÁLISE DA EXPRESSÃO DE GENES DE BIOMARCADORES PARA CARACTERIZAÇÃO DE SUBPOPULAÇÕES CELULARES RELACIONADAS À METÁSTASE EM SARCOMA DE EWING

Tainá Pereira dos Reis; Ney Lemke; Marialva Sinigaglia; Daner Acunha Silveira

Título do Trabalho

Autores

Tainá Pereira dos Reis
Ney Lemke
Marialva Sinigaglia
Daner Acunha Silveira

Modalidade

Resumo (poster)

Área temática

RNA e transcriptômica

Data de Publicação

11/12/2024

País da Publicação

Brasil

Idioma da Publicação

Português

Página do Trabalho

https://www.even3.com.br/anais/epbioinfo2024/984977-analise-da-expressao-de-genes-de-biomarcadores-para-caracterizacao-de-subpopulacoes-celulares-relacionadas-a-meta

ISBN

978-65-272-1024-5

Palavras-Chave

Sarcoma de Ewing, scRNA-seq, heterogeneidade tumoral, biomarcadores.

Resumo

O sarcoma de Ewing (SE) é um tumor maligno raro, mais comum em adolescentes e jovens adultos, caracterizado pela translocação EWSR1::FLI1. Sua alta agressividade e complexidade biológica, especialmente em casos de metástase, dificultam o desenvolvimento de terapias eficazes. A análise de expressão gênica em nível de célula única (scRNA-seq) é uma ferramenta valiosa para revelar a heterogeneidade dos tumores, como o SE, e identificar diferentes populações celulares que não são detectadas por RNA-seq convencional (bulk RNA-seq). Essa tecnologia permite observar a expressão gênica de células individuais, fornecendo informações detalhadas sobre os tipos celulares no microambiente tumoral, como células malignas, imunes e fibroblastos associados ao câncer. Esse nível de resolução pode ajudar a identificar células tumorais raras e heterogêneas, bem como revelar os mecanismos de resistência terapêutica e as vias de sinalização envolvidas na progressão tumoral. O objetivo deste trabalho consiste na caracterização de subpopulações celulares relacionadas à metástase do SE através da análise de dados de scRNA-seq disponíveis em bancos de dados públicos. Os dados de scRNA-seq de SE e amostras controle foram obtidos no repositório GEO. Esses dados foram pré-processados utilizando as linguagens de programação R e Python, com ferramentas específicas para análise de células únicas, como Seurat e Scanpy. As etapas de pré-processamento incluem a remoção de células de baixa qualidade, a filtragem de genes de baixa expressão e a normalização dos dados, a fim de reduzir a variabilidade técnica e melhorar a qualidade da análise. Após a coleta dos dados, foi aplicada a Análise de Componentes Principais (PCA) para reduzir a dimensionalidade e identificar as principais variações na expressão gênica. Em seguida, as células foram agrupadas em clusters com perfis de expressão semelhantes, permitindo a identificação de genes diferencialmente expressos que atuarão como marcadores de subpopulações celulares. Para essa caracterização, utilizou-se o algoritmo de agrupamento Leiden e métricas estatísticas de Wilcoxon para obtenção dos genes mais expressos (marcadores) das subpopulações celulares. Os resultados da análise de scRNA-seq aplicada ao sarcoma de Ewing (SE) revelaram a identificação de diversas subpopulações celulares, elucidando a heterogeneidade tumoral presente neste tipo de câncer. A aplicação da Análise de Componentes Principais (PCA) e do algoritmo de agrupamento Leiden permitiu a caracterização detalhada das células no microambiente tumoral, destacando variações significativas na expressão gênica entre células malignas e não malignas. Além disso, a normalização e filtragem rigorosa dos dados durante o pré-processamento resultaram em uma melhoria substancial na qualidade da análise, reduzindo a variabilidade técnica.

Título do Evento: Escola Paranaense de Bioinformática
Cidade do Evento: Londrina
Título dos Anais do Evento: Anais da Escola Paranaense de Bioinformática
Nome da Editora: Even3
Meio de Divulgação: Meio Digital

Como citar

REIS, Tainá Pereira dos et al.. ANÁLISE DA EXPRESSÃO DE GENES DE BIOMARCADORES PARA CARACTERIZAÇÃO DE SUBPOPULAÇÕES CELULARES RELACIONADAS À METÁSTASE EM SARCOMA DE EWING.. In: Anais da Escola Paranaense de Bioinformática. Anais...Londrina(PR) UEL, 2024. Disponível em: https//www.even3.com.br/anais/epbioinfo2024/984977-ANALISE-DA-EXPRESSAO-DE-GENES-DE-BIOMARCADORES-PARA-CARACTERIZACAO-DE-SUBPOPULACOES-CELULARES-RELACIONADAS-A-META. Acesso em: 09/05/2025