DESENVOLVIMENTO DE PIPELINE DE ANÁLISES DE DADOS DE GENÔMICA E TRANSCRIPTÔMICA PARA A IDENTIFICAÇÃO DE GENES ALVOS PARA SILENCIAMENTO (RNAI) DO PATÓGENO M. INCOGNITA

Prof. Dr. Henrique Marques Barbosa de Souza; Giovana Motta de Oliveira

Título do Trabalho

Autores

Prof. Dr. Henrique Marques Barbosa de Souza
Giovana Motta de Oliveira

Modalidade

Bolsa Auxílio Social

Área temática

Aprimoramento Técnico – Biológicas e Saúde

Data de Publicação

30/05/2022

País da Publicação

Brasil

Idioma da Publicação

Português

Página do Trabalho

https://www.even3.com.br/anais/congressosae21/441474-desenvolvimento-de-pipeline-de-analises-de-dados-de-genomica-e-transcriptomica-para-a-identificacao-de-genes-alvo

ISBN

978-65-5941-682-0

Palavras-Chave

Transcriptômica, Genômica, Nematóide

Resumo

Dentre as várias estratégias para controlar a propagação de pragas agrícolas, a técnica de RNA de interferência (RNAi) tem se mostrado bastante viável e eficiente. Isso porque é possível identificar genes vitais e essenciais às pragas, dada a anotação funcional de proteínas e análise de expressão diferencial, a fim de compreender o desenvolvimento completo de todas as etapas da vida desses parasitos. Dessa forma, torna-se possível silenciar esses componentes gênicos, ocasionando a mortalidade destes organismos no campo. Para esse projeto, focaremos no parasito Meloidogyne incognita (nematóide-de-galhas), peste que tem caráter bastante cosmopolita, pois já foi encontrada em 29 estados dos Estados Unidos, em 20 países da África, e é uma endemia já em regiões subtropicais e tropicais do globo. No cenário brasileiro, anualmente tem-se prejuízos na ordem de R$ 35 bilhões de reais causados por parasitas de galhas. Estes possuem uma ampla gama de hospedeiros, sendo as principais a soja, algodão, banana, batata, maracujá, café, cana-de-açúcar, ervilha, feijão, tomate, pessegueiro, ameixeira e a macieira. Nesse sentido, o objetivo deste trabalho é desenvolver um pipeline para a identificação de alvos gênicos para posterior silenciamento gênico (RNAi) da praga agrícola Meloidogyne incognita através de análises multi-ômicas de bioinformática. A escolha dos genes alvos para M. incógnita será baseado na expressão predominante na fase de vida J2 (fase infectiva), no nível de conservação entre os cultivares disponíveis (12) e na ocorrência de ortólogo de cópia única. As atividades desenvolvidas pela bolsista SAE são feitas majoritariamente através do ambiente Linux, disponível no servidor do laboratório de Genômica e Expressão (LGE), as quais podemos citar: obtenção de dados públicos, análise de transcriptômica e anotação funcional; Quantificação dos transcritos e análise de expressão diferencial; Agrupamentos de ortólogos e parálogos; Análises de mutações pontuais (SNPs e indels); Seleção de genes de interesse (gene-alvo). A bolsista já obteve resultados importantes, como a geração, a partir do zero, de uma pipeline para controle de pragas agrícolas, visando o posterior silenciamento de genes, que poderia ter aplicabilidade além do escopo desse projeto. Bem como geramos o agrupamento de genes, a partir do transcriptoma obtido do NCBI, de todas as fases de vida de M. incógnita, o que nos permite inferir quais genes que são superexpressos na fase infectiva deste, a fase J2.

Título do Evento: IV Congresso de Projetos de Apoio à Permanência de Estudantes de Graduação da Unicamp - PAPE-G
Título dos Anais do Evento: Caderno de Resumos: Congresso de Projetos de Apoio à Permanência de Estudantes de Graduação da Unicamp - PAPE-G
Nome da Editora: Even3
Meio de Divulgação: Meio Digital

Como citar

SOUZA, Prof. Dr. Henrique Marques Barbosa de; OLIVEIRA, Giovana Motta de. DESENVOLVIMENTO DE PIPELINE DE ANÁLISES DE DADOS DE GENÔMICA E TRANSCRIPTÔMICA PARA A IDENTIFICAÇÃO DE GENES ALVOS PARA SILENCIAMENTO (RNAI) DO PATÓGENO M. INCOGNITA.. In: Caderno de Resumos: Congresso de Projetos de Apoio à Permanência de Estudantes de Graduação da Unicamp - PAPE-G. Anais...Campinas(SP) Canal do SAE no YouTube, 2021. Disponível em: https//www.even3.com.br/anais/congressosae21/441474-DESENVOLVIMENTO-DE-PIPELINE-DE-ANALISES-DE-DADOS-DE-GENOMICA-E-TRANSCRIPTOMICA-PARA-A-IDENTIFICACAO-DE-GENES-ALVO. Acesso em: 10/05/2025