LINUX PARA BIOINFORMÁTICA

Introdução ao ambiente Linux utilizando o Windows Subsystem for Linux (WSL) com os principais comandos de terminal Bash. O curso tem foco na imersão do participante no terminal (tela preta do Linux) tornando-o capaz de manipular arquivos, pastas (diretórios), extrair informações/padrões importantes de dados de bioinformática, além de conseguir executar programas e bioinformática em ambiente Linux. Além disso, o participante conseguirá trabalhar em ambientes de gerenciamento e implantação de pacotes facilitar a instalação e execução de programas de bioinformática. Será dado foco no gerenciador de pacotes Anaconda. Ferramentas de alinhamento local, global e estatístico como BLAST, MUSCLE/ClustalOmega e HMMER, respectivamente, serão empregadas.

Objetivo:

Aprender Linux utilizando algumas das principais ferramentas empregadas em análises de bioinformática.

Objetivos Específicos:

• Aprender a instalar e acessar o sistema Linux como WSL;

• Dominar os principais comandos utilizados no terminal do Linux;

• Criar independência no uso do terminal Linux na manipulação de dados biológicos;

• Saber acessar dados de sequências biológicas em diferentes bases de dados;

• Manipular dados resultantes de análises de bioinformática;

• Instalar programas de bioinformática em ambiente Linux;

• Aprender como executar programas de bioinformática, no terminal Linux

Pré-requisito

Para o acompanhamento das atividades da segunda semana do curso, será necessário que o participante tenha acesso ao sistema operacional Windows 10.