ESTIMATIVA DE ALFA DIVERSIDADE BACTERIANA EM POTROS: USO DO MOTHUR E DADA2

Julia Anelia Nascimento Pinto; Bruna Caroline Franzan; Fernando Queiroz de Almeida

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Trabalho

Título do Trabalho

ESTIMATIVA DE ALFA DIVERSIDADE BACTERIANA EM POTROS: USO DO MOTHUR E DADA2

Autores

Julia Anelia Nascimento Pinto
Bruna Caroline Franzan
Fernando Queiroz de Almeida

Modalidade

Resumo

Área temática

Ciências Agrárias - Zootecnia

Data de Publicação

27/03/2026

País da Publicação

Brasil

Idioma da Publicação

pt-BR

Página do Trabalho

https://www.even3.com.br/anais/xii-reuniao-anual-iniciacao-cientifica-da-ufrrj-raic/1323158-estimativa-de-alfa-diversidade-bacteriana-em-potros--uso-do-mothur-e-dada2

ISBN

978-65-272-2302-3

Palavras-Chave

16S rDNA, diversidade alfa, equino, Variantes de Sequência de Amplicons (ASV)

Resumo

A diversidade alfa da microbiota intestinal de equinos é um parâmetro importante de estabilidade e saúde do ambiente intestinal, consequentemente, do animal. Índices de diversidade microbioma podem ser estimados a partir do uso de pipelines de diferentes softwares de bioinformática. Esses pipelines consistem em sequências organizadas de etapas para processar, analisar e interpretar dados de sequenciamento, nesse caso, de amplicons de 16S rRNA. O presente trabalho teve como objetivo estimar índices de alfa diversidade da microbiota fecal de potros suplementados com prebiótico, utilizando pipelines dos softwares Mothur e DADA2 no programa R. Foi utilizado um banco de dados de sequenciamento de amplicons do gene rDNA 16S de 12 amostras de fezes de potros suplementados com prebiótico frutooligossacarídeo de inulina (inicial, após seis e oito dias), depositado no NCBI Sequence Read Archive sob o número de acesso do bioprojeto PRJNA695245. Os dados brutos foram processados seguindo duas pipelines para obtenção de variantes de sequência de amplicons (ASV): o protocolo MiSeq SOP do Mothur (v.1.48.3) (1) e o DADA2 no R (2). Em ambas abordagens, as sequências quiméricas, menores de 400 pb, maiores de 430 pb e não pertencentes ao domínio Bacteria foram removidas. O banco de dados Silva seed 138.2 foi utilizado para alinhamento e classificação taxonômica das sequências. Ao final, as amostras foram rarefeitas com base na amostra com menor número de sequência e os índices de alfa diversidade Chao, Shannon e Simpson foram estimados. Com o uso da pipeline do Mothur, observou-se 5224±1209, 5551±1692 e 5296±1103 ASV (média ± desvio padrão) para as amostras inicial, seis e oito dias de suplementação, respectivamente. O índice de Chao foi de 5942±1844, 6145±2277 e 6248±1137, respectivamente. O índice de Shannon foi de 6,23±0,56, 6,27±1,20 e 6,26±0,75, e o índice de Simpson foi de 0,0166±0,0096, 0,0371±0,0524 e 0,0208±0,0174, respectivamente. Pela pipeline DADA2, observou-se 534±106, 561±160 e 511±87 ASVs nas amostras inicial, seis e oito dias de suplementação, respectivamente. O índice de Chao foi de 543±110, 569±159 e 518±91, para a mesma sequência de amostras. O índice de Shannon observou-se valores 5,10±0,38, 4,93±0,81 e 4,81±0,60 e o índice de Simpson foi de 0,018±0,008, 0,038±0,02 e 0,0363±0,033, respectivamente. Essa diferença numérica, ainda não testada estatisticamente, pode estar relacionada a características intrínsecas de cada ferramenta, como o tratamento de erros de sequenciamento, critérios de qualidade e sensibilidade à detecção de variantes raras. Resultados semelhantes são descritos na literatura, que aponta que abordagens baseadas em Mothur tendem a recuperar um número maior de variantes, enquanto o DADA2 adota filtros mais conservadores e rigorosos na identificação de ASVs. Assim, os achados deste estudo são consistentes com relatos prévios, mas devem ser interpretados com cautela, visto que não foi utilizado um padrão de referência para validação. Além disso, análises adicionais são necessárias para determinar a significância das diferenças observadas e avaliar se essas variações influenciam a interpretação do conjunto de dados testado. Conclui-se que foi possível estimar os índices de alfa diversidade a partir do banco de dados utilizado com ambas as pipelines. 1. KOZICH, James J. et al. Development of a dual-index sequencing strategy and curation pipeline for analyzing amplicon sequence data on the MiSeq Illumina sequencing platform. Applied and environmental microbiology, v. 79, n. 17, p. 5112-5120, 2013. 2. CALLAHAN, B. J. et al. DADA2: high-resolution sample inference from Illumina amplicon data. Nature methods, v. 13, n. 7, p. 581-583, 2016.

Título do Evento: XII Reunião Anual de Iniciação Científica da UFRRJ (RAIC 2025) & VI Reunião Anual de Iniciação em Desenvolvimento Tecnológico e Inovação (RAIDTec 2025)
Cidade do Evento: Seropédica
Título dos Anais do Evento: Anais da Reunião Anual de Iniciação Científica e Reunião Anual de Iniciação em Desenvolvimento Tecnológico e Inovação da UFRRJ - Justiça climática: por um mundo mais sustentável, justo e igualitário
Nome da Editora: Even3
Meio de Divulgação: Meio Digital

Como citar

PINTO, Julia Anelia Nascimento; FRANZAN, Bruna Caroline; ALMEIDA, Fernando Queiroz de. ESTIMATIVA DE ALFA DIVERSIDADE BACTERIANA EM POTROS: USO DO MOTHUR E DADA2.. In: Anais da Reunião Anual de Iniciação Científica e Reunião Anual de Iniciação em Desenvolvimento Tecnológico e Inovação da UFRRJ - Justiça climática: por um mundo mais sustentável, justo e igualitário. Anais...Seropédica(RJ) UFRRJ, 2025. Disponível em: https//www.even3.com.br/anais/xii-reuniao-anual-iniciacao-cientifica-da-ufrrj-raic/1323158-ESTIMATIVA-DE-ALFA-DIVERSIDADE-BACTERIANA-EM-POTROS--USO-DO-MOTHUR-E-DADA2. Acesso em: 29/05/2026