Anais: II Workshop de Python para Dados de Microbiologia
Renato Augusto Corrêa dos Santos¹*, Amanda Aparecida de Oliveira², Débora Preceliano de Oliveira, Juliana A. Santos³, Kelly Hidalgo Martinez4, Lia Costa Pinto Wentzel5, Natalia Coutouné6, Natalia Sayuri Wassano7, Otávio Guilherme Gonçalves de Almeida8, Tulio de Lima Campos?, Yasmine Alves Menegon¹°, Rodrigo Ligabue Braun¹¹
¹Centro de Energia Nuclear na Agricultura (CENA/USP), ²Universidade Estadual Paulista (UNESP), ³Universidade do Vale do Sapucaí (Univas), 4Instituto de Biologia da UNICAMP, 5Charles University, 6Laboratório Nacional de Biorrenováveis (CNPEM), 7Laboratório de Enzimologia e Biologia Molecular de Microrganismo (LEBIMO/ UNICAMP),8Faculdade de Ciências Farmacêuticas de Ribeirão Preto (FCFRP-USP), ?Instituto Aggeu Magalhães (Fiocruz-PE), ¹°Universidade Estadual Paulista (UNESP), ¹¹Universidade Federal de Ciências da Saúde de Porto Alegre (UFCSPA).
*renatoacsantos@gmail.com
Palavras-chave: Python, análise de dados, Microbiologia, programação.
A segunda edição do Workshop de Python para Dados de Microbiologia seguiu os mesmos objetivos da primeira, promovendo o ensinamento de programação utilizando a linguagem Python aplicada aos dados da área de microbiologia. Durante os quatro dias de curso, foram apresentados diferentes datasets (de microbioma, fungos e bactérias) a fim de facilitar a introdução da linguagem Python, utilizando dados disponíveis em artigos para a prática dos códigos. Como ferramenta para a prática foi usado o Google Colab, plataforma na qual os alunos conseguiram reproduzir o conteúdo da aula em cadernos digitais, executando seus códigos em tempo real, visualizando seus erros e acertos, com a oportunidade de tirar suas dúvidas com os ministrantes e monitores das aulas. A sala de aula foi o Google Meet, local virtual que possibilitou a interação dos participantes, professores e monitores, via chat e vídeo. Foram ainda abordados outros conteúdos como as bibliotecas Pandas, Matplotlib e Seaborn para análises exploratórias dos dados. Como suporte técnico os participantes também puderam contar com o Discord, ferramenta na qual foi utilizada para sanar dúvidas referentes ao conteúdo, informações gerais ou problemas técnicos ao longo do workshop. O evento contou também com duas palestras, com os seguintes temas: I) Metagenômica - aplicações e desafios no estudo de comunidades microbianas e II) A dificuldade filogenética dos fungos da família Agaricaceae. As palestras foram pertinentes para demonstrar as diferentes aplicações da linguagem Python na pesquisa, de scripts simples para otimizar análises rotineiras à programas complexos de análise de dados. Os palestrantes esclareceram as dúvidas e disponibilizaram seus contatos para futuras indagações. Os alunos tiveram a oportunidade de submeter resumos, cujo objetivo principal foi apresentar os dados usados em seus respectivos projetos de pesquisa, instigando-os para uma discussão de como a programação em Python poderia ser aplicada aos dados. Nesta edição, foram recebidos resumos com os seguintes temas: I) Manipulação do microbioma intestinal para remediação de deficiências de vitamina K, II) Avaliação da resistência ao congelamento em microrganismos isolados da Praia do Sudeste - Ilha Rei George, Antártica e III) Mudança epidemiológica na produção de carbapenemases KPC e NDM em Klebsiella pneumoniae durante a pandemia da COVID-19 na região norte do Brasil. Os alunos que submeteram resumos tiveram a oportunidade de apresentá-lo oralmente aos colegas do curso. Durante as apresentações, os palestrantes demonstraram como a linguagem Python já estava presente nos programas a serem utilizados e/ou como poderiam aplicar o Python em atividades como tabulação de dados, geração de gráficos, obtenção de estatística e automatização de tarefas. A comissão organizadora visa sempre o aprimoramento dos workshops, e por isso solicitou avaliação do curso pelos alunos. Mesmo o feedback sendo majoritariamente positivo, a comissão organizadora presta atenção nas demandas dos alunos, visando o aprimoramento das futuras edições, interesse pelo tema além da potencial aplicabilidade imediata e progressiva em suas pesquisas. Desta forma, a organização do workshop se mantém ativa e renovada a cada edição.
