A Conferência Municipal de Saúde tem como objetivos principais avaliar a situação de saúde e propor diretrizes para a formulação da política de saúde nos três níveis de gestão. Isso significa dizer que as deliberações das Conferências devem servir para orientar os governos na elaboração dos planos de saúde e na definição de ações que sejam prioritárias nos âmbitos estaduais, municipais e nacional.
É nos espaços das Conferências que a sociedade se articula para garantir os interesses e as necessidades da população na área da Saúde e assegurar as diversas formas de pensar o SUS, assim como para ampliar, junto à sociedade, a disseminação de informações sobre o Sistema.